После поражения своего злейшего врага Шредера, черепашки-нинзя столкнулись с трудной ситуацией: их команда распалась, и каждый из братьев ушел в собственные дела. В это время их сенсей Сплинтер пытается сплотить семью, обеспокоенный происходящими в Нью-Йорке странными событиями. Город охвачен тайной, когда техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс начинает разрабатывать коварный план по созданию армии древних чудовищ. Для того чтобы остановить это зло, черепашкам вновь потребуется объединиться. Леонардо, как всегда, берёт на себя ответственность и стремится вернуть братьев к единству, но у каждого из него есть свои сомнения и препятствия. Микеланджело пытается сохранить легкость и юмор среди растущего напряжения, тогда как Донателло погружается в технические детали, исследуя угрозу, которую представляет Уинтерс. Рафаэль, тем временем, борется с собственными внутренними демонами и порывами, что затрудняет его стремление вернуться к команде. Однако, даже несмотря на разногласия, в них жива ниндзя-сила, и они понимают, что только вместе могут преодолеть невзгоды. Эйприл О’Нил и Кейси Джонс вновь становятся важными союзниками черепашек, помогая в борьбе с кланом Фут, который снова проявляет активность, используя свои навыки ниндзя в целях, близких к темным замыслам Уинтерса. На фоне этих конфликтов черепашки не только сражаются за свою жизнь, но и разгадывают тайны, охватывающие самые основы их существования и силы, противостоящие им. Им предстоит не только физическое испытание, но и борьба за восстановление братства и понимания друг друга, что, возможно, станет для них самым сложным противником. В этой захватывающей истории преодолеваются страхи и разногласия, сталкиваются древние чудовища с искусственными созданиями, и только объединившись, черепашки смогут одержать победу. Их последняя битва не только определит судьбу города, но и укрепит узы, которые сделали их настоящей семьей.